黄埔出入境检验检疫局是国家设在黄埔口岸的出入境检验检疫分支机构，是行使《中华人民共和国进出口商品检验法》、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》和《中华人民共和国食品卫生法》等法律法规赋予的职责。
北仑出入境检验检疫局综合测试实验室
南平出入境检验检疫局筹建于1999年8月，2000年9月正式成立对外办公。内设办公室、综合业务科、动植食科、卫鉴科和福建国际旅行保健中心南平分中心。
四川出入境检验检疫局检验检疫技术中心机场实验室
东兴出入境检验检疫局检验检疫综合实验室
义乌出入境检验检疫局前身为义乌进出口商品检验局，建于1995年。1999年，根据国务院机构改革方案，原国家进出口商品检验局、国家动植物检疫局、国家卫生检疫局“三检”职能合一，组建新的出入境检验检疫局。
